经济上严革贪赃枉法，勘查皇庄和勋戚庄园，还田于民，从弘治到正德，间或有人提到土地失额的严重性，但尚未引起朝野普遍的注意和讨论。嘉靖时期，在一些地区不同程度地实行了赋役制度改革，桂萼在入参机务期间，曾上疏建策清查新增田地及编审徭役，世宗批准施行。这次改革，因次年桂萼因病乞休归里而未能进一步展开，而桂萼所开创的将税粮与徭役各审定交银若干，统一征收，以求均平的“一条鞭法”的改革效果是显着的，为后世的赋役制度改革提供了借鉴。

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世宗即位后马上整肃科举制度，来确保选举的良性发展，倡行三途并用，激励士气，整顿学政，来强化学校的教育功能，改正孔子称号和典祀。执政中期，朝政日渐腐化，由于国家承平日久，世宗逐步丧失进取精神，日益腐化，滥用民力大事兴建，议大礼的成功，使世宗获得在宗法上的正统地位。与此同时，他还要借助道教来神化自己，迷信方士、尊崇道教，好长生不老之术，方士、道士们利用世宗梦想长生不死和灵瑞现象的迷信，屡行诈骗之术，愚弄世宗，使每年不断修设斋醮，造成巨大的靡费。

世宗一改诸帝佛、道兼崇的习惯，而专奉道教，压制佛教，对道教的崇信主要是迷信其斋醮方术，同时为了神化自己，他还为自己和父母加封道号。随着杨廷和的去职和大礼议的升级，明世宗的崇道活动也随之升温，斋醮的内容自祈雨雪、禳旱涝、祛病除灾以至求嗣延年，抗倭御虏几乎无所不有。他还赐给入直大臣道教冠服，百官斋醮时，派御史纠仪，派亲信察其不虔者。对道教方术十分迷信，道士邵元节、陶仲文皆以祈禳祓除获幸，宠遇不衰，段朝用以烧炼术进，胡大顺以吕祖“三元大丹”进，其他以丹法秘书进者不可胜数，往往以此瞬息宝贵。

世宗还仿效宋徽宗故事，为自己和父母加封道号，直接神化自己，其父为‘三天金阕无上玉堂都仙法主玄元道德哲慧圣尊开真仁化大帝’，母为‘三天金阕无上玉堂总仙法主玄元道德哲慧圣母天后掌仙妙化元君’，自号‘灵霄上清统雷元阳妙一飞玄真君’，后加号‘九天弘教普济生灵掌阴阳功过大道思仁紫极仙翁—阳真人元虚玄应开化伏魔忠孝帝君’，再加号‘太上大罗天仙总掌五雷大真人玄都境万寿帝君’，又自号‘雷轩’，‘天池钓叟’。

“壬寅宫变”事后，世宗便搬到西苑的万寿宫，不敢住在紫禁城的寝宫里，宫婢之变后，世宗把转危为安归功于事玄之效，更加热衷于斋醮祈祷，他躬服道教衣冠，“以为祈天永命之事”；后妃宫嫔“皆羽衣黄冠，诵法符咒，无间昼夜寒暑”。

“南倭北虏”始终是明朝的祸患，各地也爆发多起民变。此时东南沿海工商业发展起来，而海禁依然厉行，沿海民众和王直集团与朝廷的斗争非常引人注目。爆发了“争贡之役”，此后沿海治安多次陷入危机，明朝遂宣布中断一切贸易，期望以围堵的政策来减轻倭寇的威胁，但也断绝许多贸易产业链相关从业人员的生计，致使贸易地下化，商业纠纷无从解决，遂转成武力报复，倭寇之乱不减反增，造成“嘉靖倭乱”。

在长城以北，蒙古鞑靼部首领俺答汗不断寇边，兵力动辄数万，甚至数十万，明王朝的腐败军队根本抵挡不住蒙古的骑兵。吉囊袭扰大同，杀明朝指挥周岐，瓦剌部袭扰边塞，吉囊入寇万全右卫，总兵官白爵在宣平迎击，将其击败。俺答多次入塞袭扰，俺答汗进犯延绥，朵颜入寇，杀守备陈舜。俺答称汗，遣使议和并求通贡，世宗屡次拒绝，明朝政府首次把王直集团骚扰沿海地区称为“倭人入寇”。