光绪被囚于瀛台，由慈禧的四名亲信太监监视着。他或者坐在露台，双手抱膝，愁思哀伤，或者睡在木床上苦思苦想。在太监的监视比较松懈时，就偷偷地记日记。这样差不多被关押了整整两年。光绪二十六年（1900年）,中国北方爆发了以“扶清灭洋”为口号的义和团运动，引起英、俄、法、德、美、日、意、奥匈等八国联军入侵。在八国联军逼近北京时，光绪被慈禧带着逃亡西安。临时前，慈禧命总管太监李莲英硬将珍妃推入东华门内的一口井内。在逃亡中慈禧下令剿杀义和团运动。光绪二十七年（公元1901），岁次辛丑，九月七日，清政府在北京与各国所订立的条约，共十二款，以赔款一项为最重，数目高达白银四亿五千万两，为不平等条约中最苛刻的。光绪二十八年（1902年）一月，光绪又被慈禧带回北京，仍然被囚禁在瀛台。光绪帝没有勇气冲破封建伦理思想的束缚，“天颜戚戚，常若不悦”，心境悲怆，终其一生是屈辱和哀怨的悲剧命运。

光绪三十四年（1908年）十月，光绪生病卧床。这时慈禧也生病了。光绪在日记中写道：“我现在病得很重，但是我心觉得老佛爷（指慈禧）一定会死在我之前。如果这样，我要下令斩杀袁世凯和李莲英。”不料这段日记被李莲英获悉，他立即报告了慈禧，说：“皇上想死在老佛爷之后呢！”慈禧听了，恨恨地说：“我不能死在他之前！”当天（癸酉日），即21日就命令光绪的饮食、医药之事统统由李莲英服侍。这天下午，光绪的病情突然转危，不久死去。

据说是慈禧令太监将他毒死的。有的学者认为，由于袁世凯的叛卖告密，使慈禧镇压了维新运动。袁世凯担心慈禧死后光绪重新执政，将会问罪于他，于是就与庆亲王色结，打算废黜光绪，立庆亲王之子为帝，事不成，就下手毒杀了光绪。

又有学者认为光绪是病死的。光绪自幼身体孱弱，一直有脾胃虚弱的毛病。成年后又有滑精症状，而且一天比一天厉害。他又长期咳嗽，似乎患有肺结核。政治上的失意，长期的精神抑郁，更使他患有严重的神经官能症，心悸、失眼、食欲不振等症状相继出现，逝世前一年已病入骨肓，直接死亡的原因，可能是心肺功能的慢性衰竭，并发急性感染。这一说法为多数学者接受。

光绪病死后的庙号为德宗景皇帝，史称光绪皇帝。

2、文治

1）、戊戌变法

在维新人士和帝党官员的积极推动下，1898年6月11日，光绪皇帝颁布“明定国是”诏书，宣布变法。新政从此日开始，到9月21日慈禧太后发动政变为止，历时103天，史称“百日维新”。

在此期间，光绪皇帝根据康有为等人的建议，颁布了一系列变法诏书和谕令。

新政措施虽未触及封建统治的基础，但是，这些措施代表了新兴资产阶级的利益，为封建顽固势力所不容 。清政府中的一些权贵显宦、守旧官僚对新政措施阳奉阴违，托词抗命。慈禧太后在光绪皇帝宣布变法的第五天，就迫使光绪连下三谕，控制了人事任免和京津地区的军政大权，准备发动政变。

1898年9月21日凌晨，慈禧太后突然从颐和园赶回紫禁城，直入光绪皇帝寝宫，将光绪皇帝囚禁于中南海瀛台；然后发布训政诏书，再次临朝“训政”，“戊戌政变”成功。戊戌政变后，慈禧太后下令捕杀在逃的康有为、梁启超；逮捕谭嗣同、杨深秀、林旭、杨锐、刘光第、康广仁、徐致靖、张荫桓等人。9月28日，在北京菜市口将谭嗣同等六人杀害；徐致靖处以永远监禁；张荫桓被遣戍新疆。所有新政措施，除7月开办的京师大学堂外，全部都被废止。从6月11日至9月21日，进行了103天的变法维新，以戊戌政变宣告失败。