顺治十八年（1661年）正月顺治上早朝时，看来神态还正常，身体健康。第二天早上，宫中养心殿却突然传出了他的死讯。直到他下葬，群臣都没有见过他的遗体。死后，他只留下了一份遗诏，立玄烨（即康熙）为皇太子，由鳌拜等四大臣辅政。 另一种说法是，顺治多年来一直厌恶尘世。公元1660年秋，他所宠爱的黄妃病故后，哀伤不已，毅然放弃皇位，暗暗去五台山出家为僧，后来康熙还秘密地去看望过他。也有人说他的出家与董小宛有关，董小宛曾为冒辟的小妾，被洪承畴献给顺治为妃，后董小宛被皇太后赐死，顺治转而消极厌世，才去五台山出家为僧。

顺治在遗诏中，还检讨了自己的十四个方面的过错：1、自己在十八年的政治生涯中“因循悠忽，苟且目前”，使天下未得安定，百姓不能安居乐业。 2、对满族大臣安排，使用不当，使有些人有才能而不能施展；对有的大臣，明知他们不称职，又没能断然罢免。 3、深居皇宫，对朝鲜族廷大臣接触很少，致使君臣间的感情淡薄。 4、朝廷机构臃肿，费用浩繁，又精工修建宫殿，制作器具，浪费很多。 5、自以为聪明，不肯听从忠谏，致使群臣保持缄默，不敢进言。6、自知有过错，又不能下决心反省改正，致使过错越积越多、越积越重。 在这里，他既没有标榜自己的业绩功德，也没有为自己的早逝而表露惶恐，悲哀之情，而是念念不忘朝政，总结教训以启迪后人，这在封建帝王中是难能可贵的。

他是一个真皇帝，也是一个要做自己人，他的人生是成也真来败也真。

恼恨当年一念差，龙袍换去紫袈裟，我本西方一衲子，缘何生在帝王家？

顺治帝庙号为世祖章皇帝，骨灰葬河北遵化清东陵“孝陵”。

2、文治

顺治皇帝在摄政王多尔衮的辅助下实施了一系列有助于巩固王朝基业的措施，并实有成效。

1）、遵循明朝旧制

满洲统治者是刚从奴隶制贵族转化为封建制贵族的统治集团，许多人还没有完全摆脱某些落后生产方式残余的影响。依据什么思想和模式建国，将直接关系到清王朝的命运。多尔衮的思想较为开通，接受汉人的影响较多，在建国过程中，在许多重大问题上，他接受了范文程、洪承畴、冯铨等人的建议。中央与地方的官制，大体上仿照明朝，没什么变化，所不同的只是兼用满汉二族罢了。赋役的征收制度，完全按照明朝万历年间的会计录进行，顺治三年(1646年)制订的《赋役全书》，是“悉复万历之旧”。盐法，也是“大率因明制而损益之”，“俱照前朝会计录原额征收”。刑法，在未制订清朝的法律以前，“问刑准依明律”；顺治三年颁行的《大清律》，“即《大明律》改名”。官吏的选拔，也是“向沿明制，实行科举”，科举的作法，也是“承明制，用八股文”。这一切，给人以无易代亡国之感。

2）、科举取士，网罗名士

皇太极时虽然已举行过科举，但规模不大，未能成为制度。清军入关后，顺治三年首次开科，即录取了傅以渐等四百名进士。录取人数之多不仅明朝罕见，终清之世，除雍正八年(1730年)录取了创纪录的四百零六名外，再没有超过此数的。而这时统治范围仅及长江流域，全国尚未统一。同时，“取材唯恐不足，于是又有加科？”以扩大录取名额。顺治四年(1647年)的加科就录取了三百名进士。顺治一朝与清代各朝比，中额最宽。

3）、注意调整统治阶级内部的满汉关系适当限制满洲贵族的特权，提高汉官地位但始终是把满洲贵族集团作为维护清朝统治的基本力量。

4）、尊孔读经，提倡忠义

清入关前已开始祭孔，但未成定例。占领北京后的第二个月，多尔衮即派人祭孔，以后每年的二、八月都派大学士致祭，成为整个清代所遵奉的定例。顺治二年，尊孔子为“大成至圣文宣先师”。六月，多尔衮亲“谒先师孔子庙，行礼”。同时把儒家著作四书五经奉为经典，列为士子必读之书，科举考试的八股文即取它命题。又提倡忠孝节义，把关羽作为忠君的最高典范来崇拜。自顺治二年起，每年五月十三日即“遣官祭关圣帝君”。